Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Wonogiri melaksanakan asesmen madrasah sebagai salah satu penentu kelulusan pada satuan pendidikan. Asesmen madrasah merupakan penilaian dengan penekanan pada aspek kognitif yang lebih menyeluruh sehingga format
MTsN 3 Wonogiri Berkalbu Kinclong – Beriman Bertakwa Berbudaya Kreatif Inovatif Cerdas Loyal dan Unggul