Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Wonogiri melaksanakan asesmen madrasah sebagai salah satu penentu kelulusan pada satuan pendidikan. Asesmen madrasah merupakan penilaian dengan penekanan pada aspek kognitif yang lebih menyeluruh sehingga format soal pun dibuat lebih variatif. Pada tingkat madrasah tsanawiyah soal asesmen meliputi soal pilihan ganda, menjodohkan, benar-salah, dan essay.
MTsN 3 Wonogiri melaksanakan asesmen madrasah berbasis kertas sebagai penentu kelulusan siswa kelas 9 tahun pelajaran 2022/2023. Asesmen dilaksanakan selama enam hari mulai hari Kamis, 4 Mei 2023 sampai dengan hari Rabu, 10 Mei 2023. Mata pelajaran yang diujikan dalam asesmen madrasah meliputi 12 mata pelajaran, yakni Bahasa Indonesia, Aqidah Akhlak, Matematika, Qur’an Hadits, Bahasa Inggris, SKI, IPA, Fiqih, Bahasa Arab, PPKn, IPS, dan Bahasa Jawa. Pelaksanaan asesmen madrasah dua belas mata pelajaran tersebut dilaksanakan selama enam hari dengan dua mata pelajaran setiap hari.
Peserta asesmen madrasah MTsN 3 Wonogiri terdiri dari 229 peserta didik yang terbagi dalam dua belas ruang. Setiap ruang diawasi oleh dua orang pengawas yang mengawasi pelaksanaan asesemen agar asesmen madrasah berjalan tertib, aman, terkendali dan peserta didik mengerjakan soal asesmen dengan jujur dan disiplin sehingga hasil asesmen diharapkan dapat menunjukkan kemampuan kognitif peserta didik secara riil sesuai visi MTsN 3 Wonogiri Matsaga Berkalbu Kinclong. Madrasah yang beriman, bertakwa, berbudaya, kreatif, inovatif, cerdas,loyal dan unggul. Bismillah bergerak bersama menuju Matsaga Berkalbu Kinclong(FY).


